根据江苏省教育厅苏职教（2007）5号文件《关于开展职业教育课程改革实验工作的通知》精神，“十一五”期末，全省建立200个“江苏省职业教育课程改革专业实验点”和建设100个“江苏省职业教育课程改革实验学校”。动物工程系对照要求，总结经验，申报全省课程改革专业实验点，目前全部工作已经完成。
动物工程系畜牧兽医专业是传统专业也是特色专业，具有悠久的办学历史。该专业属省级示范专业，建有江苏省紧缺人才培训培养基地。拥有一支高水平的专业教师队伍，共有专任教师18名，全部为“双师型”教师，其中具有硕士学位的8人，副高级职称的6人，另有淮安市科技带头人1人，高级畜牧师1人，高级兽医师1人，国家级高级考评员4人，国家级职业鉴定督导员1人。自编校本教材《养羊与羊病防治》由中国农业出版社正式出版且被评为“十一五”规划教材，备受好评。
该专业在课程改革方面具备过硬的基础条件，积累了比较丰富的实践经验，并作出了有益的探索。拥有一支以资深教师为成员的课程开发团队，并聘请了10位在徐宿淮地区较具影响力的企业总经理与本校专业教师共同组成了课程改革指导委员会，专门组织管理课改项目。该系还承担了教育部重点课题子课程“农业类课程及教材改革的研究与实践”的研究和论文撰写。2005年《畜牧兽医专业技能训练与考核指导纲要》获得全国农业职业教育教学改革优秀成果（改革实践类）二等奖。
目前《畜牧兽医专业课程改革方案》、《专业人才培养方案》和《课程标准》已制定完成。新一轮的课程改革对课程结构与职业工作任务的结合、培养目标的具体定向、职业能力分析清晰透彻以及职业能力形成的影响条件和教学评介方面作出了重大调整，力求构建以能力为本位，以职业实践为主线，以项目课程为主体的模块化专业课程体系，促进教学质量的提高，实现以生为本的人才培养模式。
