动物工程系于2000年最早在本校开办高职专业的系部之一，现开设畜牧兽医、宠物养护与驯导两个高职专业。其中畜牧兽医专业2007年首批通过省级示范专业评估，同年被江苏省教育厅认定为省级“职业教育专业课程改革实验点”,“十一五”期间被认定为省级品牌专业，“十二五”期间被认定为省级特色专业。

系部现有专任专业教师33人，其中副教授8人，高级讲师2人，博士1人，有研究生学历和硕士学位的17人， 淮安市学术技术带头人1人，学院专业带头人2人。淮安市“533英才工程”培养对象3人，双师型教师比例达100%。系部现有实验设备价值约2000万元，2005年获江苏省技能紧缺型人才培养培训工程实训基地建设项目投资，建有“地方鸡研发中心”、“配合饲料加工厂”、“实习动物医院”、“综合实训大楼”等多个校内实训基地。

近年来，系部教师队伍的教学科研水平不断提高，成绩斐然。连续多年承担江苏省、淮安市、学院级科研课题和科技服务项目20余项，教师获国家发明专利1项，发表论文100多篇，主编参编教材20余部。

动物工程系积极开展校企合作工作，已建立了一批稳定的校企合作实习就业基地，与南京卫岗奶业集团、江苏汉世伟食品有限公司、中粮集团、淮安快鹿牛奶公司、徐州正昌、淮安天参饲料公司等均建立了良好的合作关系，初步形成了教师企业锻炼、学生顶岗实习、教学理实一体化的教育模式。

   近几年获得主要荣誉：

（1）2014、2015年江苏省职业院校技能大赛“家禽病理剖解与镜检”项目教师组金牌；

（2）2015年，畜牧兽医教学团队被评为江苏联合职业技术学院优秀教学团队；

（3）2016年畜牧兽医实训基地被评为江苏省高水平示范性实训基地；

（4）2017年畜牧兽医实训基地被评为江苏省高水平实训基地；

（5）2018年第一届全国职业院校青年美容师技能大赛分获一、二、三等奖。