淮安生物工程高等职业学校的前身是创办于宣统初元年（1908）的“江北农林学堂”。其时，校址在清江浦八面佛土圩之北，废黄河堤之南，即现在淮安市体育馆和淮阴师范学院所在地及其附近之地。

1913年“江北农林学堂”改名为“江苏省立第三农业学校”陈延翔任校长，1922年秋，孙思麟接任校长；1927年唐昌治任校长，学校奉命更名为“第四中山大学区立淮阴农业学校”；1928年3月更名为“江苏大学区立淮阴农业学校”同年5月复更名为“中央大学区立淮阴农业学校”；1929年10月学校定名为“江苏省淮阴农业学校”；1938年因战争原因学校停办；1951年秋，经苏北人民行政公署批准重建“苏北淮阴农业技术学校”，王树乔任校长，闻金门任副校长；1958年5月正式创办“淮阴农业专科学校”，同年秋，学校迁至现在的楚州区湖心寺路18号（原淮安县运河公社湖心公园）。1962年6月，江苏省人民政府决定“大跃进”中淮阴创办的专科学校和其他中等学校全部停办，保留淮阴农业学校；1966年开始“文化大革命”，学校停止招生；1970年春招收一年制“社来社去”学生四百人；1975年淮阴农校更名为“淮阴地区五、七农业大学”；1978年接受省高教局的任务开设了“江苏农学院淮阴专修班”招收大专生261人；1979年恢复“江苏省淮阴农业学校”，开始招收统配中专生；1983—1990年连续同时招收农业职业中学师资大专班；2000年开始招收五年制大专班；2003年11月更名为“淮安生物工程高等职业学校”。